现代学校制度所需要处理好的关系主要包括外部关系和内部关系两大方面，外部关系又包括学校和政府、学校和社会、学校和学校的关系于个方面；学校内部的关系则主要包括学校和教师、学校和学生的关系，其中还涉及教师和教师、教师和学生、学生和学生的关系。学校教育教学环节的制度的建设是现代学校建设的重点和核心。以下分内外部两方面加以介绍。
学校内部必须培育植根于学习本质，以人为本，思想独立，学术自由精神为核心的内在制度。作为一项具体的制度，它主要是保障教师独立进行教学和学术研究，免受学术以外的力量干扰的制度；是保障学生自主探求真理和识别真相的制度，尤其是在面临科学精神与权势压力、财富欲望之间斗争的情况下，保证学校教育教学和学术研究不被商业化和各种利益、权势所驱动、所改造，使之保持真正的求知精神和探索精神。
中国现行学校内部管理体制存在与现代学校逻辑相冲突的问题：是党政分工不明确；二是现行体制下教师、学生、职工的地位不明确，三是学校内部学术权力的缺失及学术权力与行政权力的失衡；四是学生权利处于真空状态，学生权益缺乏制度保障。