第一步，办学世俗化、专业化。其中最为关键的是保持学校的纯洁性和专业性，保障学校内“兼容并包”，思想自由，学术自主。
第二步，政校分离，管办分离，依法治校。
一是依法确立学校的法人地位，理清并明确界定政府与学校的关系，完善学校法人制度，培育有利于竞争的外部市场、建立参与程度更加广泛的监督机制；建立防止市场化，保障教学研究独立、多元、法治的轨道。政府需要明确自己该管什么，不管就是失职，不该做什么，做了就是违法。
二是要以比较完备的法律法规制度为依托，改变现行的以行政指令为主的学校管理方式；修订《高等教育法》，将政府对高等学校的直接管理改为依法监督、财政经费资助等方式的间接管理。各级学校均须通过健全章程，增强权利责任意识，对学校的重大组织原则和治期结构进行规范，做到依法按照章程自主管理，履行法定职责，拒绝非法干预，保证学校稳定可持续发展。
三是所有学校都必须依据国家法律制定和完善学校章程，把它作为学校办学活动的重要依据。《中华人民共和同教育法》第二十六条规定，设立学校及其他教育机构必须具备的基本条件之一就是“有组织机构和章程”。