专才教育适应我国现阶段对本科专门人才需要的现实，但也在客观上加剧了“科技至上”、“技术第—”的科技主义思潮的不断彰显，使高等教育的功利性色彩日益浓厚，过度注重职业性，过分强化专业教育，造成专才教育模式在培养人才综合素质方面的局限性。过窄的专业教育，过弱的文化陶冶，使学生的学科视野和思想底蕴不够，导致大学生知识面不宽，创新精神不强，社会的价值感、道德感普遍降低，对本专业以外更为重要的社会职责、伦理道德、生态环境、人文关怀等问题缺乏应有的责任意识，成为“只有技术，没有文化”的“单向度”倾向的人。因此，不少教育家呼吁通过素质教育，以克服人才的片而性，挽救日趋严重的精神危机和道德危机。
20世纪90年代中后期，人们对高等专才教育中应该加强素质教育已形成共识。即培养专门人才不应排斥综合素质的提高，综合素质是专业化人才的基础。这一认识并末否定高等教育的专才模式，而是对高校的专门化教育提出了更高安求。针对理工科学生人文素养的缺乏，加强大学生文化素质教育成为这一时期实施素质教育的主要内容，将此作为探索人才培养模式、端正教育思想、更新教育观念、改革教育内容的一个切入点。许多高校通过增加人文类选修课、开设系列文化讲座、实行主辅修制、加强校园文化建设等方式来实现素质教育，取得了初步成效。但几年的实践与探索，也使高校进一步认识到，素质教育只强调加强理工科大学牛的文化素质教育是不全面的，文科学生同样需要加强科学技术教育；同时，大学生在科学精神与人文精神方面的欠缺向高等教育提出了新的要求。于是，素质教育进入新的探索阶段。